Kisah bermula apabila satu pembunuhan misteri telah berlaku di mana seorang ketua pengawas arkib, Arturo S. Eduardo telah mati dibunuh di dalam Arkib Rahsia Vatican. Persoalan timbul apabila si mati bukanlah beragama Kristian Katolik, tetapi sebenarnya adalah daripada pengikut The Cathar, iaitu satu kumpulan pergerakan medival yang anti-Katolik dengan fahaman mereka yang percaya bahawa penyaliban Jesus adalah satu penipuan besar yang sengaja direka oleh penganut-penganut Kristian Katolik.    

            Seorang wartawan terkenal, Jessica Keith di bawah syarikat akhbar The Daily Telegraph di London telah ditugaskan untuk membongkar misteri pembunuhan tersebut. Jessica juga telah bertemu dengan Sheikh Hamza Yunus Cairel, seorang penceramah hal ehwal Islam yang terkenal di Britain sewaktu menghadiri seminarnya. Perkenalan mereka yang singkat itu telah mengheret Sheikh Hamza ke Vatican bersama Jessica dalam penyiasatannya itu.

            Setelah satu demi satu penyiasatan dibuat, ia telah menemukan mereka dengan beberapa klu-klu rahsia ciptaan Michelangelo. Namun, klu-klu itu teramat berbahaya jika didedahkan kerana ia akan memberi ancaman besar kepada dunia Kristian. Sejak berdekad lamanya, paderi-paderi dahulu cuba merahsiakan kewujudan sebuah kitab Injil Barnaba iaitu sebuah kitab Injil asli dalam bahasa Ibrani yang telah dibawa oleh Nabi Isa. Dengan perancangan terperinci, kitab itu berjaya dipinggirkan oleh Majlis Tertinggi Gereja di Barat dengan propagandanya adalah untuk menutup rahsia status sebenar Nabi Isa yang hakikatnya tidak mati ditiang salib. 

Namun, ia adalah satu bebanan berat bagi Sheikh Hamza dan Jessica yang cuba untuk menyelamatkan rahsia tersebut daripada dihapuskan oleh pengikut Gereja Kecil Sistine di Vatican. Pihak gereja di Itali teramat mahukan kitab Injil tersebut kerana mereka tidak mahu dunia mengetahui, membaca dan mendengar perkara yang sebenar. Lukisan siling hasil karya Michelangelo di Gereja Kecil Sistine yang telah bertahun-tahun menjadi antara satu bahan sejarah yang mengagumkan, sebenarnya tersimpan kod-kod rahsia tertentu yang belum pernah ada sesiapa membongkarnya sebelum ini.

Maka bermulalah episod pencarian kitab Injil asli tersebut oleh Sheikh Hamza yang bergandingan bersama Jessica Keith. Petunjuk itu telah membawa mereka ke lokasi sebenar penyembunyian kitab Injil Barnaba tersebut. Pelbagai dugaan yang mereka tempuhi termasuk diburu oleh pembunuh upahan, pihak polis, dikejar pengikut Kristian Katolik serta pengikut-pengikut The Cathar yang turut merebutkan klu-klu tersebut yang mempercayai rahsia itu adalah kepunyaan mereka.

Berjayakah Sheikh Hamza menggalas tugas berat dan membongkar misteri yang masih belum dapat diselesaikan itu? Dapatkah juga Jessica mendedahkan kepada dunia tentang perkara sebenar yang disembunyikan di dalam agamanya?

The Michelangelo Code (English Synopsis):

The story begins with a mysterious murder of a Chief Prefect of Archive; Arturo S. Eduardo was killed in the basilica office in Vatican Secret Archive. The question arise when the dead turns out to be the follower of The Cathar, instead of the Christian Catholic; one of medieval group of anti-Catholic with their believes that the crucifixion of Jesus was a gigantic fraud fabricated by the Christian Catholic.

A well-known reporter of The Daily Telegraph, Jessica Keith in London was assigned to uncover of that mystery murder. Jessica met the famous speaker of Islamic Affairs in Britain, Professor Sheikh Hamza Yunus Cairel while attending his seminar. Their brief encounter brought him to Vatican with Jessica in her investigation.

After many investigations, they found secret clues hidden by true Renaissance man, Michelangelo. However, these clues are threat to the Christian world. For decades, the Christian monks tried to keep the secret of the original gospel by Jesus, Gospel Barnabas. With the meticulous conspiracy, that gospel was successfully condemned by the Highest Council of the Churches in the Western world in order to cover up the truth of Jesus crucifixion.

But it was a heavy burden on Sheikh Hamza and Jessica who tried to save that secret from being obliterated by the Christian in the Sistine Chapel in Vatican. The church in Italy was eagerly needed that gospel because they don’t want the world to know the truth. The Sistine ceiling by Michelangelo located in Vatican, that for years had become one of magnificent historical art, actually are hidden by the secret codes that no one have discover it before.

Now, the new chapter begins in the searching for that precious book. The clues lead them to the secret location of the Gospel Barnabas. The search leads them through Vatican and soaring cathedrals, chasing by the assassin, hunted by polices, Christian Catholic and The Cathar that believe they were the chosen to be the guardian of the book.

Did the Professor Sheikh Hamza really able to crack the secret codes of the unsolved mystery? Did Jessica could reveal to the world about the truth that has been hidden for many centuries in her religion?

The Michelangelo Code it’s a story about a discovery of the church’s most dangerous secret, an organized corruption of religion doctrine, and murder leads a tormented Islamic Speaker from the powerful of Islamic world to the shadowy world of the Christians, and to an ancient document that could shake the very foundations of the Church.